Sein Lehrer war Boris Arapow, bei dem er 1964 bis 1967 in Leningrad studierte. Seitdem lebt Knaifel in St Petersburg als freischaffender Komponist und Musikredakteur. Schon in seinen ersten Werken weicht Knaifel den geltenden Regeln und der offiziellen Musikästhetik aus.

Er wird Mitglied der avantgardistischen Komponistengruppe, die am Anfang der 60er Jahre in Moskau (u.a. Denissow, Gubaidulina, Schnittke), Kiew (u.a. Silwestrow) und Tallin (u.a. Pärt) entsteht. Dennoch lehnt er die Tradition nicht ab und lässt sich von der Zweiten Wiener Schule und von Schostakowitschs Werk beeinflussen. Zunächst zeichnen sich seine Kompositionen durch hohe Intensität und einen expressiven Stil aus, kompositorische Techniken und so-nore Möglichkeiten werden erforscht.

In den 70er Jahren ändert sich jedoch Knaifels Stil. Sein Schaffen verlangsamt sich zu Gunsten größerer und strukturierterer Werke, Theatralisches verliert sich oder wird sublimiert. Sparsamkeit des materiellen Aufwands und Konzentration auf den Klang als entscheidendes Ereignis stehen jetzt im Vordergrund: "Die Klänge sind für mich Zeichen von der Existenz der Schönheit. Schönheit ist für mich das Wichtigste – sie ist Energie, sie ist unwiederholbar, so Knaifel. Im Grenzbereich von Philosophie, Psychologie und Esoterik an-gesiedelt sind die Werke der 90er Jahre stark von einer religiösen Thematik ge-prägt."

Knaifel hat bis heute ein umfangreiches Schaffen aus Musiktheaterstücken, sinfonischen Kompositionen, Filmmusiken, Kammer- und Vokalmusik vorgelegt. Bedeu-tende Interpreten wie Mstislaw Rostropowitsch, Gennadi Roschdestwenski oder Alexej Ljubimov haben seine Werke interpretiert.